Отец Илия родился в городе Курске, в 1829 году, в простой и благочестивой семье местных мещан — Алексия и Олимпиады Чеботаревых. С раннего детства обнаружил он особенную любовь к посещению храма Божия и к слушанию священных книг, в особенности житий святых подвижников. Выучившись читать и писать, с семилетнего возраста он стал помогать родителям в их занятии — торговле. Юный Иоанн, а так будущий преподобный Илия был наречен во святом Крещении, благодаря благочестивым семейным порядкам был чужд греховных наклонностей и даже пустых развлечений старался избегать. Уже тогда у него зародилось горячее желание оставить мир и посвятить себя иноческой жизни. Когда Иоанну исполнилось 24 года, он ходил в Киев на поклонение почивающим там угодникам Божиим. Но всматриваясь в жизнь киевских обителей он остался неудовлетворенным ею из-за массы паломников и всегдашней сутолоки. 4 января 1862 года, когда ему было 32 года от рождения, Иоанн Чеботарев поступил послушником в строгий и удаленный Валаамский монастырь. С самого начала монастырской жизни Иоанн находился под духовным руководством знаменитого настоятеля Валаамского монастыря и опытного старца игумена Дамаскина. В 1871 году, 24 апреля, Иоанн Чеботарев был пострижен в мантию с именем Иоанникия. С принятием монашеского образа он увеличил подвиги молитвы и самоотвержения. Вскоре же был назначен пономарем при церкви преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. На этом послушании он состоял около 5 лет после чего был переведен на жительство в еще более уединенный скит преподобного Авраамия Ростовского, что в 7 верстах от монастыря. Здесь под его руководством находилось несколько человек монастырской братии для занятий по хозяйству. Отец Иоанникий отличался строгостью жизни, и хотя он всячески старался скрыть это, о нем все отзывались как о подвижнике и потому относились с большим уважением. Несмотря на болезнь, усиливающуюся с возрастом, несмотря на ослабевание телесных сил, отец Иоанникий по особому благословению своих духовных отцов игуменов Дамаскина и Иоанафана полагал ежедневно очень много поклонов. Ввиду того, что в скитах церковное богослужение бывает редко, то он ежедневно правил полную службу келейно. Приобретение молитвенного духа составляло главнейший его подвиг. Но отец Илия был украшен и телесным подвигом. Никто не знал, когда и как он спал: никакого ложа в его келье не было. Потом выяснилось, что спал он в сенях на дровах. Одевался очень просто и легко, даже в холодное время. Ему предлагался священный сан, но он по смирению решительно отказался от него, не желая оставлять пустынное житие. Наконец, болезнь совершенно обессилила его, и ввиду этого с 23 сентября 1891 года отец Иоанникий был почислен за штат. В этих условиях он счел благовременным принять великий ангельский образ. И 16-го января 1892 года последовало пострижение его в схиму с именем Илии — ровно через 30 лет подвижнической жизни на Валааме. Вскоре отец Илия перешел в еще более строгий скит Иоанна Предтечи на острове. Все условия здесь были чисто пустыннические, а устав постнический. Это-то и влекло сюда подвижника — пустыннолюбца, который и войдя уже в старческий возраст продолжал избегать малейшей возможности употребить время впустую. В конце 1893 года, когда отцу Илие было уже 64 года, Господь переселил его с Валаама в Сибирский край, а именно — в Верхотурский Свято-Николаевский монастырь. Причиной столь неожиданной перемены стало то, что в Верхотурском монастыре указом Священного Синода от 4 октября 1893 года штатный устав сменялся на общежительный. Но так как для водворения новых порядков нужны были опытные в этом люди, то одновременно с указом в Верхотурский монастырь назначен был новый настоятель иеромонах Валаамского монастыря Иов. А последний испросил себе в поддержку еще некоторых валаамских монахов, опытных в деле благоустройства обители в материальном и духовном отношении, и в их числе был приглашен и схимонах Илия. В Верхотурском монастыре отец Илия по-прежнему стремился к совершенному уединению и проживал в юго-восточной башне монастырской стены. Скоро старец Илия стал принимать множество посетителей, которые, поначалу привлекаясь неслышанным в здешних краях именем «схимника», стали все больше приходить к нему за словами назидания, благодатность коих быстро всеми почувствовалась. При этом отец Илия нес послушание смотрителя при мощах Праведного Симеона Верхотурского. Многолюдное беспрерывное посещение его кельи множеством паломников совсем расстроило его безмолвие, и поэтому он испросил благословение настоятеля на поселение в лесу, неподалеку от монастырской Октайской заимки, что в 8 верстах от монастыря, где и стал проживать в совершенном одиночестве в лесной келье. Однако блаженной тишиной схимонах Илия и здесь пользовался недолго. И сюда к нему умудрялось добираться за словом назидания множество паломников. Из лесной пустыни старец приходил монастырь только на праздники, для приобщения святых Христовых Тайн. Но и в это короткое время не был избавлен от просителей духовного наставления. Наконец, слабое состояние подвижника побудило настоятеля сделать подвижнику предложение о переходе на постоянное жительство в монастырь. Бывшая его Октайская келия была перевезена в монастырскую рощу, вблизи братского кладбища и вдали от монастырских зданий, и обнесена глухим забором. Этот переход отец Илия совершил летом 1899 года. Его последствием стало резкое увеличение посетителей, которые непрестанно осаждали келью благочестивого старца. Насколько позволяли силы, отец Илия старался помочь каждому, а также не прекращал отвечать на письма своих учеников и учениц. Особенной чертой наставлений старца было полное отсутствие лицеприятия. Он поучал одинаково искренне и бедного, и богатого, сильного мира сего и убогого. Если нужно было — то и обличал нещадно, не взирая на чины и звания. Такая ревность была у него к правде Божией. В конце 1900 года болезнь у него настолько усилилась, что старец почти перестал принимать посетителей и бывать в храме. Когда болезнь приковала отца Илию ко одру, он стал часто приобщаться Святых Христовых Тайн. А преподобный игумен Арефа ежедневно навещал его. 30 ноября 1900 года, к удивлению, всех старец Илия принимал свободно в своей келий всех желающих. С особым благоговением причастился Святых Даров. Был весел, радостен и, хотя был слаб, разговаривал со всеми свободно. Вечером силы стали покидать его. Он совершенно спокойно выслушал отходную молитву, затем в присутствии отца Арефы, некоторых монастырских братии и близких, как бы засыпая, стал тихо кончаться, вздохнул и почил мирной кончиной праведника — в 8 часов 30 минут того же 30 ноября, имея 70 лет от роду и после 38-летней монашеской жизни. Похоронен схимонах Илия был за алтарем кладбищенского монастырского храма святого мученика Неофита с южной стороны.