Вышедшая в 1785 году «Грамота на права и выгоды Российской империи» провозглашала города самостоятельными административными единицами – все бόльшую роль играло самоуправление. В прошлом остались воеводы, коменданты, комиссары. Первым бургомистром города Верхотурье стал богатейший купец Урала Иван Яковлевич Попов. В целом, купечество, играло очень значительную роль в жизни города и уезда. В Екатерининскую эпоху купец и горнозаводчик Максим Походяшин основал первые промышленные предприятия на Северном Урале, и Верхотурье было «походяшинской столицей» – центром частного горного округа, в котором выплавлялось до трети меди в стране. Верхотурские купцы Поповы держали в своих руках хлебные рынки Урала, Западной Сибири. В тихом зажиточном городе со множеством храмов проживало и немало вышедших в отставку губернских начальников: военных и гражданских чиновников. От Пугачевского бунта Верхотурье имело очень неприятные последствия, хотя самозванец сюда и не дошел. Но, по сути, в этой гражданской войне активное участие приняла Ирбитская слобода, входившая в состав Верхотурского уезда; её жители сформировали ополчение, которое нещадно и жестоко билось с «Пугачом». Екатерина в знак благодарности даровала Ирбиту статус уездного города, а Верхотурье потеряло доходы с Ирбитской ярмарки и хлебородные земли. Но уже в 1792 году в Верхотурье появилась своя ярмарка. В городе хватало и купцов, и всякого рода ремесленников, мещан и разночинцев, которые занимались самыми разными промыслами и земледелием. В те же времена Верхотурье посетили академические экспедиции из Санкт-Петербурга под руководством известнейших ученых Петра Палласа и Ивана Лепехина – исследовался весь Северный Урал на перспективу будущего развития. У одного из известных историков Урала и Сибири Петра Словцова, есть стихотворение, датируемое 1782 годом, а там такая строчка: «За то в гостинцы матушке-царице Пошлем осистых с искрой соболей. Чтоб в хладной белокаменной столице, Ей в церковь ездить было потеплей».