С 5 ноября по 1 декабря 1922 года в Симферополе был организован открытый судебный процесс, на котором в качестве подсудимых оказались архиепископ Таврический и Симферопольский Никодим Кротков и почти всё духовенство епархии. Среди других по групповому делу "Дело крымского духовенства во главе с архиепископом Никодимом Кротковым по изъятию церковных ценностей, 1922 г." был привлечен к ответственности и отец Николай Мезенцев. Он обвинялся в "сопротивлении изъятию церковных ценностей; расхищении и сокрытии их; небрежном хранении; симуляции кражи ценностей; ведении пассивной обороны против изъятия". Виновным себя не признал. 1 декабря 1922 года был приговорен к трем годам заключения и отправлен в тюрьму в Нижний Новгород. Через девять месяцев все осужденные по этому делу были досрочно освобождены. Вернувшись в Симферополь, отец Николай стал служить в Петропавловском соборе. Вскоре Петропавловский собор захватили обновленцы, и он перешёл служить в Свято-Троицкий греческий храм в Симферополе. В 1933 году был арестован по обвинению в том, что будто бы утаил ценности, принадлежавшие Петропавловскому собору. Несколько месяцев священник провёл в тюрьме под следствием и был приговорен к штрафу 640 рублей. В феврале 1933 года Свято-Троицкий храм был закрыт и его начали перестраивать под интернат для детей. Но община всеми возможными средствами решила бороться, отстаивая свои права. Поскольку среди прихожан было много греческих подданных, то они обратились в Греческую миссию в Москве, в чём им деятельно помог отец Николай, составляя прошения в официальные учреждения и советуя, как в тех или иных случаях поступить. Власти в этот раз уступили, в 1934 году Свято-Троицкий храм вновь был открыт. Настоятелем его был поставлен священник-грек, которому было тогда восемьдесят пять лет, и, хотя он ещё мог совершать литургию, но по немощи с церковного двора уже никуда не выходил. Протоиерей Николай был назначен помощником престарелому священнику, он исполнял требы, служил, читал и пел на клиросе. В 1934 году власти запретили отцу Николаю служить, он вынужден был уйти в за штат, но продолжал помогать престарелому настоятелю. 15 декабря 1937 года протоиерей Николай был арестован по обвинению в том, что "после закрытия храма принимал активное участие в его возвращении и тем возбуждал население против Советской власти" и, "будучи в курсе деятельности контрреволюционной греческой националистической организации, скрывал это от Советской власти". В тот же день была арестована и вся церковная двадцатка. Всех их обвинили в контрреволюционной деятельности за связь с греческим консульством в Москве. Отца Николая снова обвинили в сокрытии церковных ценностей; в том, что он помогал сыну, белому офицеру, скрываться. На допросах отец Николай ни разу не дрогнул, не поддался давлению следователя, в своих ответах был мужественен и лаконичен. Ни угрозы и рукоприкладство, ни возраст и болезни его не сломили. Священник виновным себя не признал и на этот раз. Были вызваны два лжесвидетеля – один был сокамерником священника, а другой членом церковной двадцатки. Они и подписали протоколы с показаниями, необходимыми для осуждения. 14 февраля 1938 года тройка при НКВД Крымской АССР приговорила протоиерея Николая к расстрелу, приговор был приведён в исполнение в Симферополе. Вместе с ним расстреляли пятерых членов церковной греческой церковной общины. В 1998 году протоиерей Николай Мезенцев был причислен к лику местночтимых святых Крымской епархии определением Священного Синода Украинской Православной Церкви. В августе 2000 года канонизирован для общецерковного почитания Архиерейским Собором Русской Православной Церкви.