Именно с монастырскими подземельями связано большинство легенд Верхотурья. Как следует из летописных хроник и немногих сохранившихся описаний города, монастыри, а в особенности Свято-Николаевский мужской, имели разветвленную сеть подземных туннелей с тайной тюрьмой-темницей и глубокими колодцами, чьё назначение в наши дни объяснить не представляется возможным. Многочисленные легенды о затерянных подземельях дошли до нас от монастырских насельников, покинувших обитель после революции в 1918 году. Старожил Верхотурья Павел Никитович Денисов, который с 1913 по 1918 год трудился при монастыре, вспоминал, как монахи рассказывали о призраках, появляющихся в тёмных провалах, ведущих в загадочные туннели, о странных голосах, доносящихся из-под земли, которые можно будто бы услышать, приложив ухо к полу кельи, о сокровищах казнённого в конце XVII века разбойника Ваньки Косого, предусмотрительно припрятанных одним из городских воевод в глубоком потайном колодце. В начале 20-х годов прошлого века преданием о разбойничьих сокровищах, добытых грабежом купеческих караванов, заинтересовались сотрудники советской ЧК. К поиску клада чекисты подключили знатоков Верхотурья и оставшихся в живых представителей духовенства. В результате проведенных хаотичных раскопок чекисты наткнулись на несколько обрушенных подземных ходов, да обветшавших колодцев, заполненных водой, что не позволило тогда продолжить поиски легендарного клада. Позднее чёрные археологи наткнулись на глубокий колодец в обнаруженном просторном подвальном помещении, которое, по мнению некоторых и могло служить когда-то монастырской темницей. Однако в колодце вместо драгоценностей были найдены лишь разрозненные и потемневшие от времени человеческие кости. В середине 70-х годов XX века группа студентов-археологов из Свердловска попыталась проникнуть в подземный лаз, обнаруженный в городской библиотеке, расположенной в здании Троицкого собора. Но произошло обрушение ветхих сводов лаза, и исследователи были вынуждены свернуть работы. В 1982 году на участке дороги неподалёку от городского военного комиссариата неожиданно образовался глубокий провал, через который очевидцы сумели разглядеть каменную кладку стен открывшейся подземной галереи. Местные краеведы обратились к городским властям с просьбой разрешить проведение изыскательских работ. Однако уже через день по неизвестно кем данному указанию провал был засыпан щебнем и заасфальтирован. Даже в наши дни Верхотурье не потеряло своего старорусского обаяния и архитектурной привлекательности. А его легендарные подземелья продолжают год от года все сильнее притягивать к себе взоры археологов и историков.