Именно с монастырскими подземельями связано большинство легенд Верхотурья. Как следует из летописных хроник и немногих сохранившихся описаний города, монастыри, а в особенности Свято-Николаевский мужской, имели разветвленную сеть подземных туннелей с тайной тюрьмой-темницей и глубокими колодцами, чье назначение в наши дни объяснить не представляется возможным. До наших дней дошло предание о том, что один из туннелей вел к так называемому Кликун-Камню («рядом крикнешь – черти откликаются, людей близко не подпускают»). Многочисленные легенды о затерянных подземельях имели хождение и у последних монастырских жителей, покинувших обитель после революции в 1918 году. Старожил Верхотурья Павел Никитович Денисов, с 1913 по 1918 год бывший воспитанником Николаевского мужского монастыря, вспоминает, как монахи рассказывали о призраках, появляющихся в темных провалах, ведущих в загадочные туннели, о странных голосах, доносящихся из-под земли, которые можно будто бы услышать, приложив ухо к полу кельи, о сокровищах казненного в конце XVII века разбойника Ваньки Косого, предусмотрительно припрятанных одним из городских воевод в глубоком потайном колодце. В начале 20-х годов прошлого века преданием о разбойничьих сокровищах, добытых грабежом купеческих караванов, заинтересовались сотрудники местной ЧК. К поиску клада чекисты подключили знатоков Верхотурья и оставшихся в живых представителей духовенства. В результате проведенных хаотичных раскопок чекисты наткнулись на несколько обрушенных подземных ходов да обветшавших колодцев, заполненных водой, что не позволило тогда продолжить поиски легендарного клада. Уже позднее, в советские времена, на глубокий колодец чёрные археологи наткнулись в обнаруженном просторном подвальном помещении, которое, по мнению некоторых и могло служить когда-то монастырской темницей. Однако в колодце вместо драгоценностей были найдены лишь разрозненные и потемневшие от времени человеческие кости. В середине 70-х годов XX века группа студентов-археологов из Свердловска попыталась проникнуть в подземный лаз, обнаруженный в городской библиотеке, расположенной в здании Троицкого собора. Однако произошло обрушение ветхих сводов лаза, и исследователи были вынуждены свернуть работы. В 1982 году на участке дороги неподалеку от городского военного комиссариата неожиданно образовался глубокий провал, через который очевидцы сумели разглядеть каменную кладку стен открывшейся подземной галереи. Местные краеведы обратились к городским властям с просьбой разрешить проведение изыскательских работ. Однако уже через день по неизвестно кем данному указанию провал был засыпан щебнем и заасфальтирован. Даже в наши дни Верхотурье не потеряло своего старорусского обаяния и архитектурной привлекательности. А его легендарные подземелья продолжают год от года всё сильнее притягивать к себе взоры археологов и историков.