Преподобный Никон был первым учеником и сподвижником преподобного Антония, основателя Киево-Печерской обители, к которому святой пришел, уже будучи иереем. Он постригал в обители всех новоприходящих иноков и в их числе преподобного Феодосия Печерского. За пострижение любимцев великого князя Изяслава – преподобных Варлаама и Ефрема святой Никон навлек на себя гнев, но смело отказался убеждать пострижеников покинуть монастырь. Когда в обители собралось много братий, преподобный Никон пожелал уйти в уединение и безмолвствовать. Он удалился на полуостров Тмутаракань (на восточном берегу Керченского пролива) и поселился в безлюдном месте. Когда слава о его жизни распространилась в округе, к нему собрались желавшие проводить иноческую жизнь. Так был основан монастырь с церковью во имя Пресвятой Богородицы. Когда он возвратился в Киево-Печерскую обитель, преподобный Феодосий оказывал ему почтительную любовь как духовному отцу. По словам преподобного Нестора Летописца, игумен Феодосий, отлучаясь куда-либо, поручал ведению преподобного Никона всю братию. Когда князь Святослав изгнал своего брата Изяслава из Киева, преподобный Никон снова ушел в основанный им монастырь. Он вернулся в лавру уже при игумене Стефане. По удалении из Киево-Печерской обители преподобного Стефана, святой Никон был избран настоятелем монастыря. Скончался преподобный в глубокой старости († 1088) и был погребен в Ближних пещерах преподобного Антония.