Через 15 лет пребывания преподобного Германа на Валааме Господь призвал смиренного инока на апостольское служение и послал его проповедовать Евангелие и крестить язычников малообжитого и сурового края Аляски и прилегающих к ней островов Северной Америки. С этой целью в 1793 году была создана духовная Миссия, получившая название Кадьякской, с центром на острове Кадьяк. Руководителем миссии был назначен архимандрит Иоасаф (Болотов), иеромонах Валаамской обители. В числе прочих сотрудников Миссии было еще пять иноков Валаамского монастыря, среди них и преподобный Герман, которому Господь благословил потрудиться в благовестии дольше и плодотворнее, чем кому-либо другому из членов Миссии. Под руководством архимандрита Иоасафа Миссия находилась недолго: во время бури в 1799 году уже поставленный во епископа преосвященный Иоасаф со своими спутниками погиб в волнах океана. На острове осталось всего четыре миссионера. На помощь оставшимся в живых в 1804 году был командирован только один иеромонах Александро-Невской Лавры Гедеон. Он на некоторое время возглавил Миссию. Его заботами была устроена школа для детей крещеных алеутов. В 1807 году иеромонах Гедеон навсегда покинул стан миссионеров, возложив всю ответственность на преподобного Германа, который до самой кончины своей оставался духовным отцом, пастырем и попечителем душ человеческих. Преподобного хотели посвятить в сан иеромонаха и возвести во архимандрита, но смиренный инок отказался от какого бы то ни было возвышения и до конца своих дней пребывал простым монахом. С 1807 года он заведовал школой, в которой обучались 20 мальчиков. Старец учил их чтению, письму, Закону Божию, Священной истории и церковному пению, навыкам земледелия. Преподобный Герман был для местных жителей истинным добрым пастырем и защищал их, как мог, от злых и хищных людей, которые видели в островитянах только объект для жестокой эксплуатации. Поэтому не было бы ничего удивительного, если бы новообращенные отвергли веру пришельцев, которые стали все чаще выступать в роли угнетателей, и вернулись бы к своим суевериям. В том, что это не произошло, великая заслуга преподобного Германа. Непоколебимо и настойчиво, не имея никакой поддержки, кроме своей пламенной веры, старец продолжал свое заступничество за обиженных и угнетенных, видя в этом свой долг и призвание, сущность которого он выразил удивительно простыми словами: «Я - нижайший слуга здешних народов и нянька». Божественная благодать, наполнявшая душу преподобного Германа, преображала сердца людей, общавшихся с ним. Преподобный Германа сподобился от Бога многих духовных даров, видения ангелов и злых духов. Однажды по его молитвам прекратилось наводнение, в другой раз — пожар. Старец обладал даром прозорливости. Так, он предсказывал, что в Америке будет свой архиерей, что вскоре и исполнилось. В 1840 год у была образована на Североамериканском континенте епархия и во главе её стал Святитель Иннокентий Вениаминов. Вероятно, в 1835 году преподобный Герман полностью ослеп, в последние годы вел уединенную жизнь, редко выходя из кельи и постоянно пребывая в подвигах поста и молитвы. Он открыл духовным чадам время своей смерти и обстоятельства погребения. 15 ноября 1836 года святой старец попросил зажечь перед иконами свечи и почитать Деяния святых Апостолов. Во время чтения о трудах святых благовестников преподобный Герман перешел от земных трудов к небесному упокоению.