14/27 января 1961 года иеросхимонах Иоанн мирно отошел ко Господу. Он был похоронен на верхотурском городском кладбище. Летом 1993 года по ходатайству перед местными властями игумена Свято-Николаевского монастыря отца Тихона (Затёкина) с благословения архиепископа Екатеринбургского и Курганского Мелхиседека (Лебедева) честные останки отца Иоанна были эксгумированы и перенесены в Верхотурский Свято-Николаевский монастырь. Иеросхисмонах Иоанн был перезахоронен около монастырского Преображенского храма. Определением Священного Синода РПЦ от 27 декабря 2000 года имя преподобноисповедника Иоанна включено в Собор новомучеников и исповедников Российских. 30 августа 2020 года митрополит Екатеринбургский и Верхотурский Кирилл освидетельствовал обретенные мощи преподобноисповедника Иоанна.