С момента своего явления и вплоть до начала ХХ века оригинал иконы постоянно находился в Богородицком женском монастыре Казани, то есть на месте своего чудесного явления. Однако, когда для России наступили смутные революционные годы, возможно, в назидание или смирение Господь лишил её этого чудотворного образа. Во многих людях той эпохи проявились черты отступничества от родной веры, от веры своих отцов. Скорее всего, это стало одной из ряда причин случившейся трагедии. Сейчас, спустя много лет, те события можно проследить достаточно подробно. В ночь с 28 на 29 июня 1904 года (по старому стилю) Казанский образ Пресвятой Богородицы был похищен. Новость о похищении чудотворного образа быстро облетела не только Казань, но и всю Россию. К счастью, благодаря смотрителю Александровского ремесленного училища Владимиру Вольману, он дал полиции очень ценные сведения, преступников быстро нашли. В результате слаженных, а главное, быстрых действий всех неравнодушных к этой беде людей полиция очень скоро вышла на главного подозреваемого – крестьянина 28 лет Варфоломея Чайкина (Стояна). Уже 5 июля он, вместе со своей женой Прасковьей Кучеровой, официально она была его сожительницей, был задержан в Нижнем Новгороде, куда они попытались скрыться из Казани на пароходе «Ниагара». При обыске на квартире Чайкина были обнаружены драгоценности и частицы украшений с икон Богородицы и Спасителя. Однако самих икон не нашли. По словам 9-летней Евгении, дочери сожительницы Чайкина, иконы были порублены и сожжены в печке. Похожие свидетельства дали ещё несколько лиц, которые проходили как свидетели – в частности, это была мать Прасковьи, Елена Шиллинг. Основная версия участи иконы сводилась к тому, что ее, как и образ Спасителя, злоумышленники сожгли. Однако со временем стали появляться и другие версии. Например, некоторые предполагали, что Чайкин мог продать икону старообрядцам, так как даже без оклада она стоила очень дорого. Истинная ее участь так до конца и неясна.