Святые мощи Феофана Затворника были тайно обретены на территории Шацкой психбольницы, расположенной в зданиях разоренной безбожниками Вышенской пустыни в 1973 году. По воспоминаниям настоятеля храма преподобного Сергия Радонежского в селе Эммануиловка протоиерея Георгия Глазунова, в Казанском храме, где был погребен святитель Феофан, был больничный склад. Там, практически в груде мусора, был обнаружен гроб, в котором покоились мощи святителя, а также его Евангелие. Из разоренного собора останки святителя Феофана были перенесены вначале в дом протоирея Георгия Глазунова, а потом сразу же перевезены в Троице-Сергиеву Лавру, где находились в подклете Успенского собора до 1988 года. После канонизации святителя Феофана в 1988 году на Поместном Соборе Русской Православной Церкви честные мощи его были перенесены в храм преподобного Сергия Радонежского, недалеко от Вышенского монастыря. 29 июня 2002 года мощи святителя Феофана Затворника крестным ходом были перенесены из Эммануиловки в Свято‑Успенский храм Вышенского женского монастыря. Церемонию возглавлял Предстоятель Русской Православной Церкви, Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.