Великую княгиню Елисавету Феодоровну арестовали на третий день святой Пасхи 1918 года, в Светлый вторник. С ней разрешили поехать сёстрам обители Варваре Яковлевой и Екатерине Янышевой. Их привезли в сибирский город Алапаевск 20 мая 1918 года. Сюда же были доставлены великий князь Сергей Михайлович и его секретарь Феодор Михайлович Ремез, великие князья Иоанн, Константин и Игорь Константиновичи и князь Владимир Палей. Спутниц Елисаветы Феодоровны отправили в Екатеринбург и там отпустили на свободу. Но сестра Варвара добилась, чтобы её оставили при великой княгине. 5(18) июля 1918 года узников ночью повезли в направлении деревни Синячихи. За городом, на заброшенном руднике, и совершилось кровавое преступление. С площадной руганью, избивая мучеников прикладами винтовок, палачи стали бросать их в шахту. Первой столкнули великую княгиню Елисавету. Она крестилась и громко молилась: "Господи, прости им, не знают, что делают!" Елисавета Феодоровна и князь Иоанн упали не на дно шахты, а на выступ, находящийся на глубине 15 метров. Сильно израненная, она оторвала от своего апостольника часть ткани и сделала перевязку князю Иоанну, чтобы облегчить его страдания. Крестьянин, случайно оказавшийся неподалеку от шахты, слышал, как в глубине шахты звучала Херувимская песнь, её пели новомученики Российские перед переходом в вечность. Скончались они в страшных страданиях, от жажды, голода и ран. Несколько месяцев спустя армия адмирала Александра Васильевича Колчака заняла Екатеринбург, тела мучеников были извлечены из шахты. У преподобномучениц Елисаветы и Варвары и у великого князя Иоанна пальцы были сложены для крестного знамения. При отступлении Белой армии гробы с мощами преподобномучениц в 1921 году были доставлены в Иерусалим. 1931 году, накануне канонизации новомучеников российских Русской Православной Церковью за границей, их гробницы решили вскрыть. Вскрытие производила в Иерусалиме комиссия во главе с начальником Русской Духовной Миссии архимандритом Антонием (Граббе). Гробницы новомучениц поставили на амвон перед Царскими вратами. По промыслу Божию случилось так, что архимандрит Антоний остался один у запаянных гробов. Неожиданно гроб великой княгини Елисаветы открылся. Она встала и подошла к отцу Антонию за благословением. Потрясённый отец Антоний дал благословение, после чего новомученица вернулась в свой гроб, не оставив никаких следов. Когда открыли гроб с телом великой княгини, то помещение наполнилось благоуханием. По словам архимандрита Антония, чувствовался «сильный запах как бы меда и жасмина». В настоящее время мощи почивают в храме равноапостольной Марии Магдалины у подножия Елеонской горы.