Не будучи знаком с распространенной в XVII веке латинской схоластикой, святитель Митрофан прекрасно знал Священное Писание и святоотеческие труды. В своем «Духовном завещании» он назидал: «Для всякого человека таково правило мудрых мужей: употреби труд, храни умеренность – богат будешь; воздержно пей, мало ешь – здрав будешь; твори благо, бегай злого – спасен будешь». Преставился к Богу святитель Митрофан в 1703 году в глубокой старости. Незадолго до кончины святитель принял схиму с именем Макарий. Погребен он был в Благовещенском соборе в Воронеже с большими почестями: царь Петр своими руками помогал нести гроб святителя, почитаемого им за «святого старца». С 1820 года число почитателей молитвенной памяти святителя Митрофана особенно возросло, при соборе начали появляться записи о чудесах на его гробнице. В 1831 году последовало официальное донесение об этом Синоду, по решению которого 7 августа 1832 года состоялось торжественное открытие гроба, а затем последовала канонизация святителя. От его святых мощей по милости Божией происходили многочисленные исцеления страждущих телесными и душевными недугами, одержимых, расслабленных. В 1836 году при Благовещенском соборе в Воронеже был учрежден Благовещенский Митрофанов монастырь.