В половину второго ночи к дому подъехал грузовик. Был разбужен императорский врач Боткин, которому приказали передать всем узникам, что нужно срочно покинуть помещения. Такая мера была обусловлена тревожной ситуацией в городе. Спустя 40 минут все члены императорской семьи и её свиты находились внизу. Расстрельная команда сопроводила заключённых в полуподвальное помещение. В неё непосредственно входил сам Яков Юровский, его помощник Григорий Никулин, Михаил и Петр Медведевы, Петр Ермаков. Государь-император нес сына на руках. Помещение было без стульев, и бывшая императрица обратилась с просьбой к коменданту Юровскому предоставить посадочные места. Просьба была исполнена: в помещение принесли два стула, на котором разместились Александра Фёдоровна и цесаревич Алексей. Все остальные разположились вдоль стены. Чекист Яков Юровский пригласил в помещение расстрельную команду: был зачитан приговор. Военный комендант дома позднее вспоминал, что сказал Николаю Александровичу напоследок: “…я тут же, насколько помню, сказал Николаю примерно следующее, что его царственные родственники и близкие как в стране, так и за границей, пытались его освободить, и что Совет рабочих депутатов постановил их расстрелять”. В районе 2 часов ночи все члены царской семьи и её свиты были убиты. Беспорядочная стрельба не позволила убить всех сразу: были произведены несколько контрольный выстрелов. Тех, кто ещё подавал хоть какие-нибудь признаки жизни, закололи штыками.