Историки до сих пор спорят, было ли изначальное Верхотурье крепостью-форпостом в стране сибирских инородцев, или транзитным, перевалочном пунктом при дальнейшем движении России на восток. В Смутное время первым отважным поселенцам в этом городе пришлось пережить немало тревог. «Пока русские люди на Москве меж собой секутся, всех вырежем и будем жить, как при Кучуме» - поговаривали в вогульских и татарских поселениях. Попытки организовать восстание и уничтожить русские города в Сибири были на протяжении всего первого десятилетия семнадцатого века. В Верхотурье они датируются 1603, 1608, 1609, 1612 годами. Несколько раз вогульские отряды подступали к деревянному верхотурскому острогу, но осады и приступа так и не последовало. Русские воеводы того времени были не только храбрыми воинами, но и опытными дипломатами – умели договариваться миром. Известен подвиг рядового казака Шавкова, знающего вогульский язык. Он бесстрашно отправился во вражеский стан, сумел договориться об условиях мира, взыскать ясак за несколько лет и привести в Верхотурье для дальнейших мирных переговоров вогульских вождей. Хотя бывало и по-другому: особо злонамеренных стрельцы и казаки при случае хватали, допрашивали с пытками, после чего гарнизон принимал особые меры предосторожности. В то время главной проблемой была нехватка служилых людей, в случае сражения Верхотурье могло выставить лишь несколько десятков воинов. К тому же, как отмечали русские стрельцы и казаки, их противник – это «люди воисты и на боях жестоки». Лишь во второй половине семнадцатого века гарнизон Верхотурья превысил 150 человек. На Урале это было время жестоких боев с татарами, башкирами, вогулами и калмыками, полностью разорившими многие русские слободы. Верхотурье выстояло, хотя деревянные укрепления были так себе, огнестрельного оружия мало, гарнизон невелик. Но возвышался уже первоначальный Троицкий храм и возносилась молитва к Господу монахами Николаевского монастыря. Люди молились - и Бог спасал.