Первые два колокола Николаевского мужского монастыря по просьбе иеромонаха Ионы были подарены царем Борисом Годуновым, о чём говорится в Царской грамоте от 1604 года «А с самим строителем Ионой было послано от царя из Москвы: "… два колокола, весу в них два пуда 22 гривенки…"». Известно также, что в 1782 году игумен монастыря Иринарх представил в Тобольскую Духовную консисторию записку о том, что на колокольне, расположенной вблизи храма, имеется 6 больших и малых колоколов, весом один большой – 156 пудов 10 фунтов, другой, средний – 88 пудов 3 фунта, и повседневный – 50 пудов 30 фунтов. При архимандрите Герасиме в 1853 году мастер А.А. Котельник отлил в монастырском поле два колокола для монастыря: один весом 531 пуд 4 фунта, другой – 128 пудов 3 фунта и получил плату за каждый отлитый пуд по 1 рублю 75 копеек. В 1855 г. эти колокола были размещены на колокольне и приведены в такое положение, что двое могут звонить во все и притом находиться в безопасности. Новая власть не пощадила колокола. Вот выдержка из Постановления Верхотурского горсовета от 15 марта 1924 года: «Городским собранием от 16 марта 1924 года сделано постановление об изъятии всех колоколов для устройства мельницы и электрической станции… вырублены были из колоколов всех верхотурских храмов куски весом до 1 фунта каждый», что не повлияло на их звон. Впоследствии их вообще отправили на переплавку. В августе 2015 года на колокольне Свято-Николаевского мужского монастыря установили колокол «Царь Николай II» весом 16 тонн, подаренный обители губернатором Свердловской области еще в январе этого года. Его отлили в Каменске-Уральском. Украшают колокол шесть чеканных икон — Пресвятой Троицы, апостола Андрея Первозванного, Николая Чудотворца, Симеона Верхотурского и членов семьи императора Николая II, причисленных к лику святых. Колокол входит в двадцатку самых больших колоколов России. Вес остальных 12 колоколов составляет от 6 до 11 килограммов. По словам священнослужителей, это одна из лучших колоколен Русской православной Церкви.